Crystal Structure of ORF12 from<i>Lactococcus lactis</i>Phage p2 Identifies a Tape Measure Protein Chaperone
Notice bibliographique
Résumé
We report here the characterization of the nonstructural protein ORF12 of the virulent lactococcal phage p2, which belongs to the Siphoviridae family. ORF12 was produced as a soluble protein, which forms large oligomers (6- to 15-mers) in solution. Using anti-ORF12 antibodies, we have confirmed that ORF12 is not found in the virion structure but is detected in the second half of the lytic cycle, indicating that it is a late-expressed protein. The structure of ORF12, solved by single anomalous diffraction and refined at 2.9-A resolution, revealed a previously unknown fold as well as the presence of a hydrophobic patch at its surface. Furthermore, crystal packing of ORF12 formed long spirals in which a hydrophobic, continuous crevice was identified. This crevice exhibited a repeated motif of aromatic residues, which coincided with the same repeated motif usually found in tape measure protein (TMP), predicted to form helices. A model of a complex between ORF12 and a repeated motif of the TMP of phage p2 (ORF14) was generated, in which the TMP helix fitted exquisitely in the crevice and the aromatic patches of ORF12. We suggest, therefore, that ORF12 might act as a chaperone for TMP hydrophobic repeats, maintaining TMP in solution during the tail assembly of the lactococcal siphophage p2.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».