Development of bioinformatics resources for display and analysis of copy number and other structural variants in the human genome
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
The discovery of an abundance of copy number variants (CNVs; gains and losses of DNA sequences >1 kb) and other structural variants in the human genome is influencing the way research and diagnostic analyses are being designed and interpreted. As such, comprehensive databases with the most relevant information will be critical to fully understand the results and have impact in a diverse range of disciplines ranging from molecular biology to clinical genetics. Here, we describe the development of bioinformatics resources to facilitate these studies. The Database of Genomic Variants (http://projects.tcag.ca/variation/) is a comprehensive catalogue of structural variation in the human genome. The database currently contains 1,267 regions reported to contain copy number variation or inversions in apparently healthy human cases. We describe the current contents of the database and how it can serve as a resource for interpretation of array comparative genomic hybridization (array CGH) and other DNA copy imbalance data. We also present the structure of the database, which was built using a new data modeling methodology termed Cross-Referenced Tables (XRT). This is a generic and easy-to-use platform, which is strong in handling textual data and complex relationships. Web-based presentation tools have been built allowing publication of XRT data to the web immediately along with rapid sharing of files with other databases and genome browsers. We also describe a novel tool named eFISH (electronic fluorescence in situ hybridization) (http://projects.tcag.ca/efish/), a BLAST-based program that was developed to facilitate the choice of appropriate clones for FISH and CGH experiments, as well as interpretation of results in which genomic DNA probes are used in hybridization-based experiments.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle