Functional resolution of duplicated<i>hoxb5</i>genes in teleosts
Notice bibliographique
Résumé
The duplication-degeneration-complementation (DDC) model predicts that subfunctionalization of duplicated genes is a common mechanism for their preservation. The additional Hox complexes of teleost fish constitute a good system in which to test this hypothesis. Zebrafish have two hoxb complexes, with two hoxb5 genes, hoxb5a and hoxb5b, the expression patterns of which suggest subfunctionalization of an ancestral hoxb5 gene. We characterized conserved non-coding elements (CNEs) near the zebrafish hoxb5 genes. One CNE, J3, is only retained in the hoxb5a locus, whereas the others, J1 and J2, are present in both hoxb5 loci. When tested individually, the enhancer activity of individual CNEs, including J3, extensively overlapped and did not support a role in subfunctionalization. By contrast, reporter transgene constructs encompassing multiple CNEs were able to target reporter gene expression to unique domains of hoxb5a and hoxb5b expression. The deletion of J3 from the hoxb5a locus resulted in expression that approached that of hoxb5b, whereas its insertion in the hoxb5b locus increased reporter expression and rendered it more similar to that of hoxb5a. Our results highlight the importance of interactions between CNEs in the execution of complementary subfunctions of duplicated genes.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».