Polycyclic Azoniahetarenes: Assessing the Binding Parameters of Complexes between Unsubstituted Ligands and G‐Quadruplex DNA
Notice bibliographique
Résumé
Polycyclic azoniahetarenes were employed to determine the effect of the structure of unsubstituted polyaromatic ligands on their quadruplex-DNA binding properties. The interactions of three isomeric diazoniadibenzo[b,k]chrysenes (4 a-c), diazoniapentaphene (5), diazoniaanthra[1,2-a]anthracene (6), and tetraazoniapentapheno[6,7-h]pentaphene (3) with quadruplex DNA were examined by DNA melting studies (FRET melting) and fluorimetric titrations. In general, penta- and hexacyclic azoniahetarenes bind to quadruplex DNA (K(b) ≈10(6) M(-1)) even in the absence of additional functional side chains. The binding modes of 4 a-c and 3 were studied in more detail by ligand displacement experiments, isothermal titration calorimetry, and CD and NMR spectroscopy. All experimental data indicate that terminal π stacking of the diazoniachrysenes to the quadruplex is the major binding mode; however, because of different electron distributions of the π systems of each isomer, these ligands align differently in the binding site to achieve ideal binding interactions. It is proposed that tetraazonia ligand 3 binds to the quadruplex by terminal stacking with a small portion of its π system, whereas a significant part of the bulky ligand most likely points outside the quadruplex structure, and is thus partially placed in the grooves. Notably, 3 and the known tetracationic porphyrin TMPyP4 exhibit almost the same binding properties towards quadruplex DNA, with 3 being more selective for quadruplex than for duplex DNA. Overall, studies on azonia-type hetarenes enable understanding of some parameters that govern the quadruplex-binding properties of parent ligand systems. Since unsubstituted ligands were employed in this study, complementary and cooperative effects of additional substituents, which may interfere with the ligand properties, were eliminated.
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Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».