Genetic Characterization of Type 2 Porcine Circovirus (PCV-2) from Pigs with Postweaning Multisystemic Wasting Syndrome in Different Geographic Regions of North America and Development of a Differential PCR-Restriction Fragment Length Polymorphism Assay To Detect and Differentiate between Infections with PCV-1 and PCV-2
Notice bibliographique
Résumé
Postweaning multisystemic wasting syndrome (PMWS) is an emerging disease in swine. Increasing evidence indicates that a variant strain of porcine circovirus (PCV), designated type 2 PCV (PCV-2), is responsible for PMWS. To determine the extent of genetic heterogeneity of PCV-2 isolates, the complete genomes of six PCV-2 isolates from different regions of North America were amplified by PCR and sequenced. Sequence and phylogenetic analyses confirmed that two distinct genotypes of PCV exist: nonpathogenic genotype PCV-1 and PMWS-associated genotype PCV-2. However, within the PCV-2 genotype, several minor branches that have been identified appear to be associated with geographic origins. The genomic sequences of two French PCV-2 isolates diverge the most from those of other PCV-2 isolates and form a distinct branch. Other minor but distinguishable branches have also been identified for a Taiwan PCV-2 isolate and two of the Canadian PCV-2 isolates. All the U.S. PCV-2 isolates are closely related, but the Canadian isolates vary, to some extent, in their genomic sequences. The data from this study indicate that although the genome of PCV-2 is generally stable among different isolates, PCV-2 isolates from different geographic regions vary in their genomic sequences. This variation may have important implications for PCV-2 diagnosis and research. On the basis of genetic analyses of available PCV strains, a universal PCR-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) assay was developed to detect and differentiate between infections with PCV-1 and PCV-2. This PCR-RFLP assay should be useful for studying the pathogenesis of PCV-2, for detecting PCV-2 infection in pigs from different geographic regions, and for screening donor pigs for use in xenotransplantation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».