Gene Expression Divergence and Hybrid Misexpression between Lake Whitefish Species Pairs (Coregonus spp. Salmonidae)
Notice bibliographique
Résumé
Genomewide analyses of the transcriptome have confirmed that gene misexpression may underlie reproductive isolation mechanisms in interspecific hybrids. Here, using a 16,006 features cDNA microarray, we compared and contrasted gene expression divergence at two ontogenetic stages in incipient species of normal and dwarf whitefish (Coregonus clupeaformis) with that of first generation (normal x dwarf) and second-generation hybrid crosses (backcross: [normal x dwarf] x normal]. Our goal was to identify the main mode of action responsible for gene transcription and to discover key genes misexpressed in hybrids. Very few transcripts (five of 4,950 expressed) differed in mean expression level between parentals and hybrids at the embryonic stage, in contrast to 16-week-old juvenile fish for which 617 out of 5,359 transcripts differed significantly. We also found evidence for more misexpression in backcross hybrids whereby nonadditivity explained a larger fraction of hybrid inheritance patterns in backcross (54%) compared with F1-hybrids (9%). Gene expression in hybrids was more variable than in pure crosses and transgressive patterns of expression were ubiquitous in hybrids. In backcross embryos in particular, the expression of three key developmental genes involved in protein folding and mRNA translation was severely disrupted. Accordingly, gene misexpression in hybrids adds to other factors previously identified as contributing to the reproductive isolation of incipient species of lake whitefish.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».