Specific Magnetic Bead–Based Capture of Genomic DNA from Clinical Samples: Application to the Detection of Group B Streptococci in Vaginal/Anal Swabs
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Group B streptococci (GBS) are a leading cause of sepsis and meningitis in newborns. We previously developed a rapid diagnostic system for GBS detection from vaginal/anal samples obtained from pregnant women during delivery. To facilitate the adaptation of this method for point-of-care testing, we have developed a specific and efficient GBS DNA capture method that is compatible with both PCR and nonamplification detection technologies. METHODS: Superparamagnetic beads were functionalized with oligonucleotide capture probes of different lengths and used to capture GBS genomic DNA (gDNA). A rapid extraction procedure was used to provide DNA from GBS cultures or vaginal/anal samples with added GBS. Hybridization reactions consisting of functionalized beads and target DNA in 30 muL of hybridization buffer were performed for 1 h at room temperature, followed by washing and resuspension in water. Captured DNA was then detected using quantitative PCR. RESULTS: A 25-mer capture probe allowed detection of 1000 genome copies of purified GBS DNA. The ability to detect GBS was improved by use of a 50-mer (100 copies) and a 70-mer capture probe (10 copies). Detection of approximately 1250 CFU/mL was achieved for diluted GBS broth culture and for vaginal/anal swab samples with added GBS. CONCLUSION: Oligonucleotide-functionalized superparamagnetic microbeads efficiently capture GBS gDNA from both bacterial cultures and vaginal/anal samples with added GBS. Efficiency of gDNA capture increases with oligonucleotide length. This technology could be combined with sample preparation and detection technologies in a microfluidic system to allow point-of-care testing for GBS.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».