Towards Understanding the Tandem Mass Spectra of Protonated Oligopeptides. 2: The Proline Effect in Collision-Induced Dissociation of Protonated Ala-Ala-Xxx-Pro-Ala (Xxx = Ala, Ser, Leu, Val, Phe, and Trp)
Notice bibliographique
Résumé
The product ion spectra of proline-containing peptides are commonly dominated by y(n) ions generated by cleavage at the N-terminal side of proline residues. This proline effect is investigated in the current work by collision-induced dissociation (CID) of protonated Ala-Ala-Xxx-Pro-Ala (Xxx includes Ala, Ser, Leu, Val, Phe, and Trp) in an electrospray/quadrupole/time-of-flight (QqTOF) mass spectrometer and by quantum chemical calculations on protonated Ala-Ala-Ala-Pro-Ala. The CID spectra of all investigated peptides show a dominant y(2) ion (Pro-Ala sequence). Our computational results show that the proline effect mainly arises from the particularly low threshold energy for the amide bond cleavage N-terminal to the proline residue, and from the high proton affinity of the proline-containing C-terminal fragment produced by this cleavage. These theoretical results are qualitatively supported by the experimentally observed y(2)/b(3) abundance ratios for protonated Ala-Ala-Xxx-Pro-Ala (Xxx = Ala, Ser, Leu, Val, Phe, and Trp). In the post-cleavage phase of fragmentation the N-terminal oxazolone fragment with the Ala-Ala-Xxx sequence and Pro-Ala compete for the ionizing proton for these peptides. As the proton affinity of the oxazolone fragment increases, the y(2)/b(3) abundance ratio decreases.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».