Transcription of foreign DNA in <i>Escherichia coli</i>
Notice bibliographique
Résumé
Propagation of heterologous DNA in E. coli host cells is central to molecular biology. DNA constructs are often engineered for expression of recombinant protein in E. coli, but the extent of incidental transcription arising from natural regulatory sequences in cloned DNA remains underexplored. Here, we have used programmable microarrays and RT-PCR to measure, comprehensively, the transcription of H. influenzae, P. aeruginosa, and human DNA propagating in E. coli as bacterial artificial chromosomes. We find evidence that at least half of all H. influenzae genes are transcribed in E. coli. Highly transcribed genes are principally involved in energy metabolism, and their proximal promoter regions are significantly enriched with E. coli sigma(70) (also known as RpoD) binding sites. H. influenzae genes acquired from an ancient bacteriophage Mu insertion are also highly transcribed. Compared with H. influenzae, a smaller proportion of P. aeruginosa genes are transcribed in E. coli, and in E. coli there is punctuated transcription of human DNA. The presence of foreign DNA in E. coli disturbs the host transcriptional profile, with expression of the E. coli phage shock protein operon and the flagellar gene cluster being particularly strongly up-regulated. While cross-species transcriptional activation is expected to be enabling for horizontal gene transfer in bacteria, incidental expression of toxic genes can be problematic for DNA cloning. Ongoing characterization of cross-expression will help inform the design of biosynthetic gene clusters and synthetic microbial genomes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».