The memory remains: application of historical DNA for scaling biodiversity loss
Notice bibliographique
Résumé
Few species worldwide have attracted as much attention in relation to conservation and sustainable management as Pacific salmon. Most populations have suffered significant reductions, many have disappeared, and even entire evolutionary significant units (ESUs) are believed to have been lost. Until now, no ‘smoking gun’ in terms of direct genetic evidence of the loss of a salmon ESU has been produced. In this issue of Molecular Ecology, Iwamoto et al. (2012) use microsatellite analysis of historical scale samples of Columbia River sockeye salmon (Oncorhynchus nerka) from 1924 ( Fig. 1 ) to ask the pertinent question: Do the historical samples contain salmon from extirpated populations or ESUs? They identified four genetic groups in the historical samples of which two were almost genetically identical to contemporary ESUs in the river, one showed genetic relationship with a third ESU, but one group was not related to any of the contemporary populations. In association with ecological data, the genetic results suggest that an early migrating Columbia River headwater sockeye salmon ESU has been extirpated. The study has significant importance for conservation and reestablishment of sockeye populations in the Columbia River, but also underpins the general significance of shifting baselines in conservation biology, and how to assess loss of genetic biodiversity. The results clearly illustrate the huge and versatile potential of using historical DNA in population and conservation genetics. Because of the extraordinarily plentiful historical samples and rapid advances in fish genomics, fishes are likely to spearhead future studies of temporal ecological and population genomics in non‐model organisms. (a) Kokanee sampling site between Columbia and Windermere lakes on the upper Columbia River at Fairmont Hot Springs, British Columbia, Canada. (b) Bureau of Fisheries scale books that contained sockeye salmon (locally called ‘blueback’ salmon) scales collected from commercial fisheries during the 1920s in the lower Columbia River. (c) Kokanee on spawning beds in Kuskanax Creek, a tributary to Upper Arrow Lake, British Columbia. Photo credit Rick Gustafson and Jim Myers. image
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,012 | 0,057 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,006 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,007 |
| Communication savante | 0,005 | 0,016 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,005 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,005 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».