Genomewide mutation dynamic within a long-lived individual of <i>Armillaria gallica</i>
Notice bibliographique
Résumé
Mutation is the ultimate source of all genetic variation in populations and yet they remain unobservable and buried in the past. Long-lived individuals of Armillaria gallica, a common opportunistic fungal pathogen of tree roots in temperate forests of the northern hemisphere, provide a spatial context for examining the mutational dynamic. Each individual of A. gallica arises in a single mating between two haploid gametes and the resulting diploid then grows vegetatively to occupy a discrete spatial territory often including many adjacent tree root systems. In effect, this leaves a spatial record of growth over time within which mutations can be localized. To identify mutations, the entire genomes of three spatially separated samples of one individual of A. gallica approximately 200 × 60 m were sequenced and compared. In this comparison, mutations and regions of loss of heterozygosity (LOH) were identified then assayed in another 20 isolates from the same individual by conventional PCR and Sanger sequencing. The genotype network of all mutations and LOH were without internal conflict. Further, the spatial pattern of genotypes was nonrandom and appeared to reflect the vegetative expansion leading to the present-day individual. The results reflect the spectrum of spontaneous mutation in nature and provide insight into cellular generation times.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».