Parasite specialization from a phylogenetic perspective: a new index of host specificity
Notice bibliographique
Résumé
The host specificity of a parasite is not merely a function of how many host species it can exploit, but also of how closely related these host species are to each other. Here, a new index of host specificity is proposed, one that takes into account the average taxonomic or phylogenetic distance between pairs of host species used by a parasite. The index is derived from measures of taxonomic distinctness used in biodiversity studies. It is easy to compute and interpret, ranging from a minimum value of 1 when all host species are members of the same genus, to a maximum of 5, when all host species belong to different classes. The variance of this measure can also be computed, and provides additional information on the taxonomic or phylogenetic structure of the host assemblage. Using data on helminth parasites of Canadian freshwater fishes, we show that the new index, unlike the mere number of known host species, is independent of study effort i.e. the number of published records of a parasite. Although the index and the number of known hosts are not entirely independent statistically, each captures a different aspect of host specificity. For instance, although acanthocephalans infect significantly more host species than trematodes, cestodes or nematodes, there is no difference in the average index value among these 4 helminth taxa, suggesting that the average taxonomic distances between the host species of a parasite do not vary among these higher taxa. We recommend the use of our new index in future comparative studies of host specificity, in particular when the focus is on the evolutionary history of parasites and of their past colonizations of host lineages.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,001 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».