mRNA stability as a function of striated muscle oxidative capacity
Notice bibliographique
Résumé
A change in mRNA stability alters the abundance of mRNA available for translation and is emerging as a critical pathway influencing gene expression. Variations in the stability of functional and regulatory mitochondrial proteins may contribute to the divergent mitochondrial densities observed in striated muscle. Thus we hypothesized that the stability of mRNAs encoding for regulatory nuclear and mitochondrial transcription factors would be inversely proportional to muscle oxidative capacity and would be facilitated by the activity of RNA binding proteins (RBPs). The stability of mitochondrial transcription factor A (Tfam), peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1α (PGC-1α), and nuclear respiratory factor 2α (NRF-2α) mRNA was assessed in striated muscles with distinct oxidative capacities using in vitro decay assays. All three mitochondrial regulators were rapidly degraded in cardiac and slow-twitch red (STR) muscle, resulting in a ∼60-65% lower (P < 0.05) mRNA half-life (t(1/2)) compared with fast-twitch white (FTW) fibers. This accelerated rate of Tfam mRNA decay was matched by a 2.5-fold increase in Tfam transcription in slow- compared with fast-twitch muscle (P = 0.05). Protein expression of four unique RBPs [AU-rich binding factor 1 (AUF1), human antigen R (HuR), KH-homology splicing regulatory protein (KSRP), and CUG binding protein 1 (CUGBP1)] believed to modulate mRNA stability was elevated in cardiac and STR muscles (P < 0.05) and was moderately associated with the decay of Tfam, PGC-1α, and NRF-2α mRNA. Variable rates of transcript degradation were apparent when comparing all transcripts within the same muscle type. Thus the distribution of RBPs appears to follow a fiber-type specific pattern and subsequently functions to alter the stability of specific mitochondrial regulators in a transcript- and tissue-specific fashion.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».