The Use of Archival Bone Marrow Specimens in Detecting B-Cell Non-Hodgkin's Lymphomas Using Polymerase Chain Reaction Methods
Notice bibliographique
Résumé
The detection of B-cell non-Hodgkin's lymphoma (B-NHL) involving the bone marrow (BM) can be enhanced by assessing immunoglobulin heavy chain (IgH/JH) gene rearrangement using PCR. While the fresh BM aspirate has been the most commonly used specimen, the utility of archival BM tissues has not been extensively evaluated. We studied the BM from 13 patients with nodal B-NHL (7 low-grade and 6 intermediate grade), which were categorized into three groups based on the histologic finding of lymphoma (H) and the presence of a monoclonal IgH/JH band by PCR using fresh BM aspirates (M): (1) H(+)/M(+), 4 cases; (2) H(+)/M(-), 4 cases; and (3) H(equivocal)/M(-), 5 cases. Archival tissues available for study included paraffin-embedded trephine biopsy (TB)/aspirate clots (AC) and air-dried aspirate smears (AS). All TB (13/13) and a subset of AC (5/13) were B5-fixed, and all these tissues failed to yield analyzable DNA. In contrast, sufficient DNA was consistently obtained in AC that were formalin-fixed (8/13). Of these 8 cases, 2/3 of group 1, 3/3 of group 2, and 0/2 of group 3 had a monoclonal IgH band. Using DNA extracted from microdissected lymphoid aggregates morphologically evident in the AC sections, additional positive cases were identified: 1/3 of group 1 and 2/2 of group 3. In those 5 cases that did not have formalin-fixed TB/AC, sufficient DNA was extracted from AS in all cases; one additional positive case was identified in group 1. Overall, 4/4 (100%) of group 1, 3/4 (75%) of group 2, and 2/5 (40%) of group 3 showed molecular evidence of lymphoma. To conclude, archival BM specimens are a useful source of DNA for molecular detection of B-NHL involvement, and formalin appears to be a better fixative than B5. The use of these samples may improve the overall detection sensitivity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».