Sequence analysis of pLBB1, a cryptic plasmid from <i>Lactobacillus delbrueckii</i> subsp. <i>bulgaricus</i>
Notice bibliographique
Résumé
The first report of the complete nucleotide sequence of a cryptic plasmid from Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus (Lactobacillus bulgaricus) is presented. The plasmid pLBB1 consists of 6127 bp with a GC content of 44.8%. No ssDNA was detected by hybridization experiments, which is consistent with the notion that pLBB1 does not replicate by a rolling circle mechanism. A putative replication region of pLBB1 was cloned and found to be functional in Lactobacillus johnsonii and Lactococcus lactis. Plasmid pLBB1 showed significant DNA sequence identity with plasmid pLL1212 from Lactobacillus delbrueckii subsp. lactis (Lactobacillus lactis) CRL1212 (GenBank accession No. AF109691). Four open reading frames (ORFs) larger than 100 amino acids were identified. ORFA shared similarity with a putative primase-helicase system, and ORFB and ORFC exhibited limited identity with a mobilization protein and a transposase, respectively. Curing experiments did not allowed us to assign a function to the ORFs.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».