Artificial selection for a green revolution gene during <i>japonica</i> rice domestication
Notice bibliographique
Résumé
The semidwarf phenotype has been extensively selected during modern crop breeding as an agronomically important trait. Introduction of the semidwarf gene, semi-dwarf1 (sd1), which encodes a gibberellin biosynthesis enzyme, made significant contributions to the "green revolution" in rice (Oryza sativa L.). Here we report that SD1 was involved not only in modern breeding including the green revolution, but also in early steps of rice domestication. We identified two SNPs in O. sativa subspecies (ssp.) japonica SD1 as functional nucleotide polymorphisms (FNPs) responsible for shorter culm length and low gibberellin biosynthetic activity. Genetic diversity analysis among O. sativa ssp. japonica and indica, along with their wild ancestor O. rufipogon Griff, revealed that these FNPs clearly differentiate the japonica landrace and O. rufipogon. We also found a dramatic reduction in nucleotide diversity around SD1 only in the japonica landrace, not in the indica landrace or O. rufipogon. These findings indicate that SD1 has been subjected to artificial selection in rice evolution and that the FNPs participated in japonica domestication, suggesting that ancient humans already used the green revolution gene.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».