Productive Replication and Evolution of HIV-1 in Ferret Cells
Notice bibliographique
Résumé
A rodent or other small animal model for HIV-1 has not been forthcoming, with the principal obstacles being species-specific restriction mechanisms and deficits in HIV-1 dependency factors. Some Carnivorans may harbor comparatively fewer impediments. For example, in contrast to mice, the domestic cat genome encodes essential nonreceptor HIV-1 dependency factors. All Feliformia species and at least one Caniformia species also lack a major lentiviral restriction mechanism (TRIM5α/TRIMCyp proteins). Here we investigated cells from two species in another carnivore family, the Mustelidae, for permissiveness to the HIV-1 life cycle. Mustela putorius furo (domesticated ferret) primary cells and cell lines did not restrict HIV-1, feline immunodeficiency virus (FIV), equine infectious anemia virus (EIAV), or N-tropic murine leukemia virus (MLV) postentry and supported late HIV-1 life cycle steps comparably to human cells. The ferret TRIM5α gene exon 8, which encodes the B30.2 domain, was found to be pseudogenized. Strikingly, ferret (but not mink) cells engineered to express human HIV-1 entry receptors supported productive spreading replication, amplification, and serial passage of wild-type HIV-1. Nevertheless, produced virions had relatively reduced infectivity and the virus accrued G→A hypermutations, consistent with APOBEC3 protein pressure. Ferret cell-passaged HIV-1 also evolved amino acid changes in the capsid cyclophilin A binding loop. We conclude that the genome of this carnivore can provide essential nonreceptor HIV-1 dependency factors and that ferret APOBEC3 proteins with activity against HIV-1 are likely. Even so, unlike in cat cells, HIV-1 can replicate in ferret cells without vif substitution. The virus evolves in this novel nonprimate cell adaptive landscape. We suggest that further characterization of HIV-1 adaptation in ferret cells and delineation of Mustelidae restriction factor repertoires are warranted, with a view to the potential for an HIV-1 animal model.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».