Identification of stable helical bundles from a combinatorial library of amphipathic peptides
Notice bibliographique
Résumé
A set of combinatorial amphipathic helical peptides referred to as the KIA series has been screened to identify native-like helical bundles. The series contains the following consensus sequence: AKAxAAxxKAxAAxxKAGGY, where "x" positions are occupied by either Ala or Ile. The peptide sequences in the series comprise all possible combinations of four Ile residues occupying the six x positions. In each case, Ala occupied the two x positions not occupied by Ile. There are a total of 15 peptides in the KIA series; all of the peptides differ in the number of ridges and grooves formed by the Ile side chains, and two of the KIA peptides possess a canonical knobs-into-holes heptad repeat. The structure and stability of these 15 peptides and their pairwise mixtures were evaluated. One peptide in the series formed a stable four-helix bundle that folded with cooperativity similar to native proteins. Ten peptides assembled into molten globular helical assemblies, two peptides were unstructured, and two peptides assembled into helical filaments that were several micrometers long. One of the helical filament forming peptides could be diverted from forming filaments by the addition of another KIA peptide, and resulted in the formation of a heteromeric six-helix bundle. This study demonstrates that combinatorial peptides composed of only three types of amino acids can form a diverse array of structures, some of which are native-like.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».