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Enregistrement W2121343218 · doi:10.1186/1471-2229-13-142

Construction of a genetic linkage map and QTL analysis of erucic acid content and glucosinolate components in yellow mustard (Sinapis alba L.)

2013· article· en· W2121343218 sur OpenAlexaff
F Javidfar, Bifang Cheng

Notice bibliographique

RevueBMC Plant Biology · 2013
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics, phytochemicals, and oxidative stress
Établissements canadiensAgriculture and Agri-Food Canada
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésGlucosinolateBiologySinapisQuantitative trait locusErucic acidBrassicaSyntenyBrassicaceaeGenetic linkageGeneticsArabidopsisLocus (genetics)BotanyGeneChromosomeMutant

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: Yellow mustard (Sinapis alba L.) is an important condiment crop for the spice trade in the world. It has lagged behind oilseed Brassica species in molecular marker development and application. Intron length polymorphism (ILP) markers are highly polymorphic, co-dominant and cost-effective. The cross-species applicability of ILP markers from Brassica species and Arabidopsis makes them possible to be used for genetic linkage mapping and further QTL analysis of agronomic traits in yellow mustard. RESULTS: A total of 250 ILP and 14 SSR markers were mapped on 12 linkage groups and designated as Sal01-12 in yellow mustard. The constructed map covered a total genetic length of 890.4 cM with an average marker interval of 3.3 cM. The QTL for erucic content co-localized with the fatty acid elongase 1 (FAE1) gene on Sal03. The self-(in)compatibility gene was assigned to Sal08. The 4-hydroxybenzyl, 3-indolylmethyl and 4-hydroxy-3-indolylmethyl glucosinolate contents were each controlled by one major QTL, all of which were located on Sal02. Two QTLs, accounting for the respective 20.4% and 19.2% of the total variation of 2-hydroxy-3-butenyl glucosinolate content, were identified and mapped to Sal02 and Sal11. Comparative synteny analysis revealed that yellow mustard was phylogenetically related to Arabidopsis thaliana and had undergone extensive chromosomal rearrangements during speciation. CONCLUSION: The linkage map based on ILP and SSR markers was constructed and used for QTL analysis of seed quality traits in yellow mustard. The markers tightly linked with the genes for different glucosinolate components will be used for marker-assisted selection and map-based cloning. The ILP markers and linkage map provide useful molecular tools for yellow mustard breeding.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,149
Score d'incertitude au seuil0,509

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,024
Tête enseignante GPT0,221
Écart entre enseignants0,197 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations26
Publié2013
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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