Emergence of an Outbreak-Associated Clostridium difficile Variant with Increased Virulence
Notice bibliographique
Résumé
The prevalence of Clostridium difficile infections has increased due to the emergence of epidemic variants from diverse genetic lineages. Here we describe the emergence of a novel variant during an outbreak in a Costa Rican hospital that was associated with severe clinical presentations. This C. difficile variant elicited higher white blood cell counts and caused disease in younger patients than did other strains isolated during the outbreak. Furthermore, it had a recurrence rate, a 30-day attributable disease rate, and disease severity as great as those of the epidemic strain NAP1. Pulsed-field gel electrophoresis genotyping indicated that the outbreak strains belong to a previously undescribed variant, designated NAPCR1. Whole-genome sequencing and ribotyping indicated that the NAPCR1 variant belongs to C. difficile ribotype 012 and sequence type 54, as does the reference strain 630. NAPCR1 strains are resistant to fluoroquinolones due to a mutation in gyrA, and they possess an 18-bp deletion in tcdC that is characteristic of the epidemic, evolutionarily distinct, C. difficile NAP1 variant. NAPCR1 genomes contain 10% more predicted genes than strain 630, most of which are of hypothetical function and are present on phages and other mobile genetic elements. The increased virulence of NAPCR1 was confirmed by mortality rates in the hamster model and strong inflammatory responses induced by bacteria-free supernatants in the murine ligated loop model. However, NAPCR1 strains do not synthesize toxin A and toxin B at levels comparable to those in NAP1 strains. Our results suggest that the pathogenic potential of this emerging C. difficile variant is due to the acquisition of hypothetical functions associated with laterally acquired DNA.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».