P4‐343: Biophysical studies on the interactions of BETA‐AMYLOID and pseudopeptidic inhibitors of BETA‐AMYLOID oligomerization: Molecular dynamics simulations
Notice bibliographique
Résumé
In Alzheimer's disease (AD) brain the amyloid beta (Aβ) peptide appears in senile plaques but the neurotoxic forms are soluble oligomers, most likely in association with redox active metals, e.g., copper. One way to stop Aβ neurotoxic activity is to prevent oligomerization and its interaction with copper. It was shown that Aβ binds to itself in the His13-Asp23 region of Aβ, and Cu +/Cu 2+ binds in the His13-His14 region. Aβ bound to copper incites processes that lead to the production of radicals responsible for death of neuron cells. In our lab several pseudopeptides (ligands) are designed to bind with Aβ (Lys16-Asp23) (S. Roy, PhD Dissertation, 2010). In order to avoid attack by antibodies the ligands are composed of eight amino acid residues. The ligands were designed to make antiparallel or parallel beta-sheets with Aβ (13–23), and are composed of both L- and D-handed residues. Selective N-methylation prevents propagation of the β-sheets into the toxic oligomeric form. This poster describes the results of a study using molecular dynamics simulations on the structures and energetic of the ligands and the ligand/Aβ (13–23) complexes, including estimates of the binding affinity of the ligands. We found that our ligands can compete successfully with Aβ(13–23) even though the dimerization interaction is relatively stronger. Cu(I) binds to His13 and His14. The effect of Cu(I)-binding to Ab is initially simulated by protonation of the His residues and the effects on ligand binding are reported. The results suggest modifications to the design to compete for the copper binding site of Aβ.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».