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Enregistrement W2122306708 · doi:10.1109/iv.2002.1028774

Visualizing metabolic networks in VRML

2003· article· en· W2122306708 sur OpenAlexaff
I. V. Rojdestvenski, M. G. Cottam

Notice bibliographique

RevueProceedings Sixth International Conference on Information Visualisation · 2003
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueBioinformatics and Genomic Networks
Établissements canadiensWestern University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésComputer scienceVRMLGlyph (data visualization)Scripting languageVisualizationHuman–computer interactionSoftwareAvatarData visualizationThe InternetVirtual realityMultimediaWorld Wide WebProgramming languageArtificial intelligence

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

A successful data collection visualization should satisfy conflicting requirements: unification of diverse data formats, support for serendipity research, support of hierarchical structures, algorithmizability, vast information density, Internet-readiness, etc. The traditional 2D representations of metabolic pathways lack compactness and information density. Virtual reality (VR) has made significant progress in engineering, architectural design, entertainment and communication. Evident advantages of using VR for scientific visualization are subconscious orientation, compromise between overview and detail, memorizing search results, and customization. We experiment with the possibility of using immersive abstract 3D visualizations of metabolic networks. We present the trial Metabolic Network Visualizer (MNV) software, which produces graphical representation of a metabolic network as a VRML (Virtual Reality Modeling Language) world. The entities in the metabolic network are identified as "compartment", "species", "reaction" and "transporter". The properties of the above objects are described using a simple scripting language. The demonstration of the MNV software is available at http://130.239.139.41/sciencevr/mnv/indexview.html.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,013
Score d'incertitude au seuil0,044

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0030,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0130,002

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,025
Tête enseignante GPT0,293
Écart entre enseignants0,268 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations7
Publié2003
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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