Detecting Trends in Noisy Data Series: Application to Biomarker Series
Notice bibliographique
Résumé
It is common to define a change in health status or in a disease state on the basis of a sustained rise (or decline) in a biomarker over time. However, such observations are often subject to important variability unrelated to the underlying biologic process. The authors propose a method to evaluate rules that define an event on the basis of consecutive increases (or decreases) in the observations, given the presence of random variation. They examine how well these rules correctly identify a truly rising biomarker trajectory and, conversely, how often they can recognize a truly stable series or a slowly rising series. The method relies on simulation of realistic, sophisticated data sets that accurately reflect the systematic and random variations observed in marker series. These flexible, empirically based simulations enable estimation of the sensitivity and specificity of rules of consecutive rises as a function of the underlying trend, amount of random variation, and schedule of measurements (frequency and duration of follow-up). The authors illustrate the approach with postradiotherapy series of prostate-specific antigen, where three consecutive rises in prostate-specific antigen indicate treatment failure; the data are described by using a Bayesian hierarchical changepoint model. The method is particularly flexible and could be applied to evaluate other rules that purport to accurately detect upturns (downturns) in other noisy data series, including other medical data or other application areas.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,016 | 0,107 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».