Structural basis for phosphorylation-dependent signaling in the DNA-damage response
Notice bibliographique
Résumé
The response of eukaryotic cells to DNA damage requires a multitude of protein-protein interactions that mediate the ordered repair of the damage and the arrest of the cell cycle until repair is complete. Two conserved protein modules, BRCT and forkhead-associated (FHA) domains, play key roles in the DNA-damage response as recognition elements for nuclear Ser/Thr phosphorylation induced by DNA-damage-responsive kinases. BRCT domains, first identified at the C-terminus of BRCA1, often occur as multiple tandem repeats of individual BRCT modules. Our recent structural and functional work has revealed how BRCT repeats recognize phosphoserine protein targets. It has also revealed a secondary binding pocket at the interface between tandem repeats, which recognizes the amino-acid 3 residues C-terminal to the phosphoserine. We have also studied the molecular function of the FHA domain of the DNA repair enzyme, polynucleotide kinase (PNK). This domain interacts with threonine-phosphorylated XRCC1 and XRCC4, proteins responsible for the recruitment of PNK to sites of DNA-strand-break repair. Our studies have revealed a flexible mode of recognition that allows PNK to interact with numerous negatively charged substrates.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,004 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».