Germline CDH1 deletions in hereditary diffuse gastric cancer families
Notice bibliographique
Résumé
Germline CDH1 point or small frameshift mutations can be identified in 30-50% of hereditary diffuse gastric cancer (HDGC) families. We hypothesized that CDH1 genomic rearrangements would be found in HDGC and identified 160 families with either two gastric cancers in first-degree relatives and with at least one diffuse gastric cancer (DGC) diagnosed before age 50, or three or more DGC in close relatives diagnosed at any age. Sixty-seven carried germline CDH1 point or small frameshift mutations. We screened germline DNA from the 93 mutation negative probands for large genomic rearrangements by Multiplex Ligation-Dependent Probe Amplification. Potential deletions were validated by RT-PCR and breakpoints cloned using a combination of oligo-CGH-arrays and long-range-PCR. In-silico analysis of the CDH1 locus was used to determine a potential mechanism for these rearrangements. Six of 93 (6.5%) previously described mutation negative HDGC probands, from low GC incidence populations (UK and North America), carried genomic deletions (UK and North America). Two families carried an identical deletion spanning 193 593 bp, encompassing the full CDH3 sequence and CDH1 exons 1 and 2. Other deletions affecting exons 1, 2, 15 and/or 16 were identified. The statistically significant over-representation of Alus around breakpoints indicates it as a likely mechanism for these deletions. When all mutations and deletions are considered, the overall frequency of CDH1 alterations in HDGC is approximately 46% (73/160). CDH1 large deletions occur in 4% of HDGC families by mechanisms involving mainly non-allelic homologous recombination in Alu repeat sequences. As the finding of pathogenic CDH1 mutations is useful for management of HDGC families, screening for deletions should be offered to at-risk families.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».