Evidence for the Presence of Disease-Perturbed Networks in Prostate Cancer Cells by Genomic and Proteomic Analyses: A Systems Approach to Disease
Notice bibliographique
Résumé
Prostate cancer is initially responsive to androgen ablation therapy and progresses to androgen-unresponsive states that are refractory to treatment. The mechanism of this transition is unknown. A systems approach to disease begins with the quantitative delineation of the informational elements (mRNAs and proteins) in various disease states. We employed two recently developed high-throughput technologies, massively parallel signature sequencing (MPSS) and isotope-coded affinity tag, to gain a comprehensive picture of the changes in mRNA levels and more restricted analysis of protein levels, respectively, during the transition from androgen-dependent LNCaP (model for early-stage prostate cancer) to androgen-independent CL1 cells (model for late-stage prostate cancer). We sequenced >5 million MPSS signatures, obtained >142,000 tandem mass spectra, and built comprehensive MPSS and proteomic databases. The integrated mRNA and protein expression data revealed underlying functional differences between androgen-dependent and androgen-independent prostate cancer cells. The high sensitivity of MPSS enabled us to identify virtually all of the expressed transcripts and to quantify the changes in gene expression between these two cell states, including functionally important low-abundance mRNAs, such as those encoding transcription factors and signal transduction molecules. These data enable us to map the differences onto extant physiologic networks, creating perturbation networks that reflect prostate cancer progression. We found 37 BioCarta and 14 Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes pathways that are up-regulated and 23 BioCarta and 22 Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes pathways that are down-regulated in LNCaP cells versus CL1 cells. Our efforts represent a significant step toward a systems approach to understanding prostate cancer progression.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».