Recurrent Focal Copy-Number Changes and Loss of Heterozygosity Implicate Two Noncoding RNAs and One Tumor Suppressor Gene at Chromosome 3q13.31 in Osteosarcoma
Notice bibliographique
Résumé
Osteosarcomas are copy number alteration (CNA)-rich malignant bone tumors. Using microarrays, fluorescence in situ hybridization, and quantitative PCR, we characterize a focal region of chr3q13.31 (osteo3q13.31) harboring CNAs in 80% of osteosarcomas. As such, osteo3q13.31 is the most altered region in osteosarcoma and contests the view that CNAs in osteosarcoma are nonrecurrent. Most (67%) osteo3q13.31 CNAs are deletions, with 75% of these monoallelic and frequently accompanied by loss of heterozygosity (LOH) in flanking DNA. Notably, these CNAs often involve the noncoding RNAs LOC285194 and BC040587 and, in some cases, a tumor suppressor gene that encodes the limbic system-associated membrane protein (LSAMP). Ubiquitous changes occur in these genes in osteosarcoma, usually involving loss of expression. Underscoring their functional significance, expression of these genes is correlated with the presence of osteo3q13.31 CNAs. Focal osteo3q13.31 CNAs and LOH are also common in cell lines from other cancers, identifying osteo3q13.31 as a generalized candidate region for tumor suppressor genes. Osteo3q13.31 genes may function as a unit, given significant correlation in their expression despite the great genetic distances between them. In support of this notion, depleting either LSAMP or LOC285194 promoted proliferation of normal osteoblasts by regulation of apoptotic and cell-cycle transcripts and also VEGF receptor 1. Moreover, genetic deletions of LOC285194 or BC040587 were also associated with poor survival of osteosarcoma patients. Our findings identify osteo3q13.31 as a novel region of cooperatively acting tumor suppressor genes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».