A Single Amino Acid Determines Lysophospholipid Specificity of the S1P1 (EDG1) and LPA1 (EDG2) Phospholipid Growth Factor Receptors
Notice bibliographique
Résumé
The phospholipid growth factors sphingosine-1-phosphate (S1P) and lysophosphatidic acid (LPA) are ligands for the related G protein-coupled receptors S1P(1)/EDG1 and LPA(1)/EDG2, respectively. We have developed a model of LPA(1) that predicts interactions between three polar residues and LPA. One of these, glutamine 125, which is conserved in the LPA receptor subfamily (LPA(1)/EDG2, LPA(2)/EDG4, and LPA(3)/EDG7), hydrogen bonds with the LPA hydroxyl group. Our previous S1P(1) study identified that the corresponding glutamate residue, conserved in all S1P receptors, ion pairs with the S1P ammonium. These two results predict that this residue might influence ligand recognition and specificity. Characterization of glutamate/glutamine interchange point mutants of S1P(1) and LPA(1) validated this prediction as the presence of glutamate was required for S1P recognition, whereas LPA recognition was possible with either glutamine or glutamate. The most likely explanation for this dual specificity behavior is a shift in the equilibrium between the acid and conjugate base forms of glutamic acid due to other amino acids surrounding that position in LPA(1), producing a mixture of receptors including those having an anionic glutamate that recognize S1P and others with a neutral glutamic acid that recognize LPA. Thus, computational modeling of these receptors provided valid information necessary for understanding the molecular pharmacology of these receptors.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».