Retroviral Biodiversity: Practical Consequences for HIV Treatment and Prevention
Notice bibliographique
Résumé
Background: Retroviral diversity is attributable both to the infidelity of the reverse transcriptase (RT)enzyme that is responsible for transcribing the viral RNA genome into DNA as well as to a high viral replication rate. In the case of HIV-1, the error rate of RT is approximately 5 × 10−5. Given a genomic length of 9.2 kb, this means that a mutation is likely to take place almost every time that HIV replicates; consequently, mutations are found throughout the HIV genome infected individuals. These mutations include those responsible for escape from immunological pressure as well as those associated with drug resistance. HIV replication patterns in different areas of the world have also given rise to a series of subtypes and recombinant forms that predominate in different geographic locales. Proper interpretation of drug resistance mutational patterns has potentiated both the sequencing of drugs within a given drug class, as well as the use of drugs from classes that have not previously been used in treatment of a given patient. Drug resistance is today acknowledged to be both a key cause as well as outcome of HIV treatment failure. Results: In recent years, however, the field of HIV resistance testing has become complicated by the fact that different viral subtypes may sometimes express different mutations that are associated with resistance to the same compound. In some cases, this may be due to the redundancy of the genetic code and the fact that different viral subtypes may employ different codons in order to express the same amino acid. An example of this is the V106M mutation that encodes resistance against NNRTIs in subtype C viruses, as opposed to V106A in subtype B. In other instances, viral RNA template sequences may vary between subtypes such that certain mutations are preferentially selected under drug pressure. As an example, subtype C viruses seem more prone to develop the K65R mutation that causes broad cross-resistance to a range of nucleoside compounds, whereas this mutation is very rare in subtype B viruses. Conclusions: These findings have relevance for both treatment and prevention strategies in countries in which subtype C viruses are predominant.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,006 | 0,008 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,006 |
| Communication savante | 0,004 | 0,006 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,004 | 0,005 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,022 | 0,004 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».