DFT Study on the Conformational and Vibrational Properties of 3’-Deoxycytidine and Its Analogues
Notice bibliographique
Résumé
Impact of saturation of the sugar C(3’)=C(4’) bond of acytidine nucleoside derivative, 3’, 4’-didehydro-3’-deoxycytidine (I) is revealed usingsimulated vibrational spectra, with respect to 3’-deoxycytidine. The density functional theory based calculations found that the C(3’)=C(4’) double bondrestricts the sugar flexibility and affects the sugar-base intramolecular hydrogen bond network. For 3’-dC, two minimal energy conformers are identified on the potential energy surface. The first conformer (IIA) takes anO4’-endo and gauche-gauche (gg) orientation whereas the second (IIB) has a C3’-exo and gauche-trans (gt) orientation in gas phase. The two conformers which have been observed previously in the crystal structure are separated by a low energy barrier. The carbon double bond in the sugar moiety of I confines the pseudorotation of the pentagon ring to be significantly flatter than that of the sugar ring in IIA and IIB. The simulated vibrational spectra, both in gas phase and in solutions, report such structural caused spectral changes with red and blue vibrational frequency shifts.The firsthydration shell of 3’-dC has been also investigated applying hybrid QM/MM molecular dynamic simulation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».