Ribozyme motif structure mapped using random recombination and selection
Notice bibliographique
Résumé
Isolating the core functional elements of an RNA is normally performed during the characterization of a new RNA in order to simplify further biochemical analysis. The removal of extraneous sequence is challenging and can lead to biases that result from the incomplete sampling of deletion variants. An impartial solution to this problem is to construct a library containing a large number of deletion constructs and to select functional RNA isolates that are at least as efficient as their full-length progenitors. Here, we use nonhomologous recombination and selection to isolate the catalytic core of a pyrimidine nucleotide synthase ribozyme. A variable-length pool of approximately 10(8) recombinant molecules that included deletions, inversions, and translocations of a 271-nucleotide-long ribozyme isolate was constructed by digesting and randomly religating its DNA genome. In vitro selection for functional ribozymes was then performed in a size-dependent and a size-independent manner. The final pools had nearly equivalent catalytic rates even though their length distributions were completely different, indicating that a diverse range of deletion constructs were functionally active. Four short sequence islands, requiring as little as 81 nt of sequence, were found within all of the truncated ribozymes and could be folded into a secondary structure consisting of three helix-loops. Our findings suggest that nonhomologous recombination is a highly efficient way to isolate a ribozyme's core motif and could prove to be a useful method for evolving new ribozyme functions from pre-existing sequences in a manner that may have played an important role early in evolution.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».