A quantitative real‐time <scp>PCR</scp> assay for detection of <i> <scp>C</scp> olletotrichum lindemuthianum </i> in navy bean seeds
Notice bibliographique
Résumé
Bean anthracnose is a seedborne disease of common bean ( P haseolus vulgaris ) caused by the fungal pathogen C olletotrichum lindemuthianum . Using seed that did not test positive for the pathogen has been proven to be an effective strategy for bean anthracnose control. To quantify the extent of anthracnose seed infection, a real‐time PCR ‐based diagnostic assay was developed for detecting C . lindemuthianum in seeds of the commercial bean class navy bean. The ribosomal DNA ( rDNA ) region consisting of part of the18 S rDNA , 5 . 8S rDNA , internal transcribed spacers ( ITS ) 1, 2 and part of the 28 S rDNA of seven races of C . lindemuthianum , 21 isolates of C olletotrichum species and nine other bean pathogens were sequenced with the universal primer set ITS 5/ ITS 4. Based on the aligned sequence matrix, one primer set and a probe were designed for a SYBR Green dye assay and a T aq M an MGB (minor groove binder) assay. The primer set was demonstrated to be specific for C . lindemuthianum and showed a high sensitivity for the target pathogen. The detection limit of both assays was 5 fg of C . lindemuthianum genomic DNA . To explore the correlation between the lesion area and the DNA amount of C . lindemuthianum in bean seed, seeds of the navy bean cultivar N avigator with lesions of different sizes, as well as symptomless seeds, were used in both real‐time PCR assays.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».