Affinities of recombinant norovirus P dimers for human blood group antigens
Notice bibliographique
Résumé
Noroviruses (NoVs), the major cause of viral acute gastroenteritis, recognize histo-blood group antigens (HBGAs) as receptors or attachment factors. To gain a deeper understanding of the interplay between NoVs and their hosts, the affinities of recombinant P dimers (P₂'s) of a GII.4 NoV (VA387) to a library of 41 soluble analogs of HBGAs were measured using the direct electrospray ionization mass spectrometry assay. The HBGAs contained the A, B, H and Lewis epitopes, with variable sizes (2-6 residues) and different types (1-6). The results reveal that the P₂'s exhibit a broad specificity for the HBGAs and bind to all of the oligosaccharides tested. Overall, the affinities are relatively low, ranging from 400 to 3000 M⁻¹ and are influenced by the chain type: 3 > 1 ≈ 2 ≈ 4 ≈ 5 ≈ 6 for H antigens; 6 > 1 ≈ 3 ≈ 4 ≈ 5 > 2 for A antigens; 3 > 1 ≈ 4 ≈ 5 ≈ 6 > 2 for B antigens, but not by chain length. The highest-affinity ligands are B type 3 (3000 ± 300 M⁻¹) and A type 6 (2350 ± 60 M⁻¹). While the higher affinity to the type 3 H antigen was previously observed, preferential binding to the types 6 and 3 antigens with A and B epitopes, respectively, has not been previously reported. A truncated P domain dimer (lacking the C-terminal arginine cluster) exhibits similar binding. The central-binding motifs in the HBGAs were identified by molecular-docking simulations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».