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Enregistrement W2125454787 · doi:10.4056/sigs.3517166

Complete genome sequence of Nitrosomonas sp. Is79, an ammonia oxidizing bacterium adapted to low ammonium concentrations

2013· article· en· W2125454787 sur OpenAlexaff
Annette Bollmann, Christopher J. Sedlacek, Jeanette M. Norton, Hendrikus J. Laanbroek, Yuichi Suwa, Lisa Y. Stein, Martin G. Klotz, Daniel J. Arp, Luis A. Sayavedra‐Soto, Megan Lu, David Bruce, Chris Detter, Roxanne Tapia, James Han, Tanja Woyke, Susan Lucas, Sam Pitluck, L Pennacchio, Matt Nolan, Miriam Land, Marcel Huntemann, Shweta Deshpande, Cliff Han, Amy Chen, Nikos C. Kyrpides, Konstantinos Mavromatis, Victor Markowitz, Ernest Szeto, Natalia Ivanova, Natalia Mikhailova, Ioanna Pagani, Amrita Pati, Lin Peters, Galina Ovchinnikova, Lynne Goodwin

Notice bibliographique

RevueStandards in Genomic Sciences · 2013
Typearticle
Langueen
DomaineEnvironmental Science
ThématiqueWastewater Treatment and Nitrogen Removal
Établissements canadiensUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesJoint Genome InstituteU.S. Department of EnergyOffice of ScienceNational Science Foundation
Mots-clésNitrosomonasNitrificationProteobacteriaAmmoniaBiologyBacteriaAmmoniumOxidizing agentWhole genome sequencingMicrobiologyGeneGenomeChemistryEnvironmental chemistryBiochemistryGeneticsNitrogen16S ribosomal RNAOrganic chemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Nitrosomonas sp. Is79 is a chemolithoautotrophic ammonia-oxidizing bacterium that belongs to the family Nitrosomonadaceae within the phylum Proteobacteria. Ammonia oxidation is the first step of nitrification, an important process in the global nitrogen cycle ultimately resulting in the production of nitrate. Nitrosomonas sp. Is79 is an ammonia oxidizer of high interest because it is adapted to low ammonium and can be found in freshwater environments around the world. The 3,783,444-bp chromosome with a total of 3,553 protein coding genes and 44 RNA genes was sequenced by the DOE-Joint Genome Institute Program CSP 2006.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesCharge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,329
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,001
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,029
Tête enseignante GPT0,271
Écart entre enseignants0,242 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations66
Publié2013
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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