DAMBE5: A Comprehensive Software Package for Data Analysis in Molecular Biology and Evolution
Notice bibliographique
Résumé
Since its first release in 2001 as mainly a software package for phylogenetic analysis, data analysis for molecular biology and evolution (DAMBE) has gained many new functions that may be classified into six categories: 1) sequence retrieval, editing, manipulation, and conversion among more than 20 standard sequence formats including MEGA, NEXUS, PHYLIP, GenBank, and the new NeXML format for interoperability, 2) motif characterization and discovery functions such as position weight matrix and Gibbs sampler, 3) descriptive genomic analysis tools with improved versions of codon adaptation index, effective number of codons, protein isoelectric point profiling, RNA and protein secondary structure prediction and calculation of minimum folding energy, and genomic skew plots with optimized window size, 4) molecular phylogenetics including sequence alignment, testing substitution saturation, distance-based, maximum parsimony, and maximum-likelihood methods for tree reconstructions, testing the molecular clock hypothesis with either a phylogeny or with relative-rate tests, dating gene duplication and speciation events, choosing the best-fit substitution models, and estimating rate heterogeneity over sites, 5) phylogeny-based comparative methods for continuous and discrete variables, and 6) graphic functions including secondary structure display, optimized skew plot, hydrophobicity plot, and many other plots of amino acid properties along a protein sequence, tree display and drawing by dragging nodes to each other, and visual searching of the maximum parsimony tree. DAMBE features a graphic, user-friendly, and intuitive interface and is freely available from http://dambe.bio.uottawa.ca (last accessed April 16, 2013).
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,008 | 0,016 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,004 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,004 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,004 | 0,005 |
| Science ouverte | 0,005 | 0,005 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,006 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,111 | 0,074 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».