Genome-wide identification of long noncoding natural antisense transcripts and their responses to light in <i>Arabidopsis</i>
Pourquoi ce travail est-il dans la base ?
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Aucune affiliation canadienne. Une base fondée sur la seule affiliation (le devis habituel) n'aurait jamais vu ce travail. C'est l'un des travaux qui justifient l'inversion de la base.
Scores machine (provisoires)
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
- Écart entre enseignants
- 0,289 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
- Statut de validation
score_only:v0-immature-baseline· tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle
Résumé
Recent research on long noncoding RNAs (lncRNAs) has expanded our understanding of gene transcription regulation and the generation of cellular complexity. Depending on their genomic origins, lncRNAs can be transcribed from intergenic or intragenic regions or from introns of protein-coding genes. We have recently reported more than 6000 intergenic lncRNAs in Arabidopsis. Here, we systematically identified long noncoding natural antisense transcripts (lncNATs), defined as lncRNAs transcribed from the opposite DNA strand of coding or noncoding genes. We found a total of 37,238 sense-antisense transcript pairs and 70% of annotated mRNAs to be associated with antisense transcripts in Arabidopsis. These lncNATs could be reproducibly detected by different technical platforms, including strand-specific tiling arrays, Agilent custom expression arrays, strand-specific RNA-seq, and qRT-PCR experiments. Moreover, we investigated the expression profiles of sense-antisense pairs in response to light and observed spatial and developmental-specific light effects on 626 concordant and 766 discordant NAT pairs. Genes for a large number of the light-responsive NAT pairs are associated with histone modification peaks, and histone acetylation is dynamically correlated with light-responsive expression changes of NATs.
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La notice
- Revue
- Genome Research
- Thématique
- Cancer-related molecular mechanisms research
- Domaine
- Biochemistry, Genetics and Molecular Biology
- Établissements canadiens
- —
- Organismes subventionnaires
- Natural Sciences and Engineering Research Council of CanadaNational Research Foundation of KoreaRural Development AdministrationNational Research Foundation
- Mots-clés
- BiologyIntergenic regionArabidopsisGeneticsGeneIntronHistoneAntisense RNANon-coding RNAGenomeTiling arrayRNALong non-coding RNATranscription (linguistics)Noncoding DNAComputational biologySense (electronics)Gene expressionDNA microarray
- Résumé présent dans OpenAlex
- oui