Patterns of Nuclear Genetic Variation in the Poecilogonous Polychaete Streblospio benedicti
Notice bibliographique
Résumé
The evolution of marine larvae is replete with transitions in trophic mode, but little is known about how, at the genetic level, these transitions are achieved. Basic parameters, including the number of underlying loci, their molecular characteristics, and the population-genetic processes that drive transitions remain unknown. Streblospio benedicti, an abundant benthic polychaete with heritable poecilogony, provides a unique genetically tractable system for addressing these issues. Individuals of S. benedicti vary in diverse aspects of development. Some females produce small, planktotrophic larvae, whereas others produce large, yolky larvae capable of settling without feeding. Here, I present estimates of basic features of nuclear genetic variation in S. benedicti to lay the foundations for subsequent efforts to understand the genetic basis of poecilogony. Sequence of ∼20 kb of random nuclear DNA indicates that the nucleotide composition, at 62.1% A + T, is typical of lophotrochozoan genomes. Population-genetic data, acquired by sequencing two loci (∼2500 bp) in multiple animals of each developmental morph, indicate that the morphs exhibit very little differentiation at random loci. Nucleotide heterozygosity (θπ) is ∼0.5-1% per site, and linkage disequilibrium decays within a few kilobases (ρ ∼ 3 × 10(-3) per site). These data suggest that genetic mapping by association will require a high density of markers, but linkage mapping and identification of regions of elevated inter-morph differentiation hold great promise.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».