A Quantitative Kinetic Model for the in Vitro Assembly of Intermediate Filaments from Tetrameric Vimentin
Notice bibliographique
Résumé
In vitro assembly of intermediate filament proteins is a very rapid process. It starts without significant delay by lateral association of tetramer complexes into unit-length filaments (ULFs) after raising the ionic strength from low salt to physiological conditions (100 mM KCl). We employed electron and scanning force microscopy complemented by mathematical modeling to investigate the kinetics of in vitro assembly of human recombinant vimentin. From the average length distributions of the resulting filaments measured at increasing assembly times we simulated filament assembly and estimated specific reaction rate parameters. We modeled eight different potential pathways for vimentin filament elongation. Comparing the numerical with the experimental data we conclude that a two-step mechanism involving rapid formation of ULFs followed by ULF and filament annealing is the most robust scenario for vimentin assembly. These findings agree with the first two steps of the previously proposed three-step assembly model (Herrmann, H., and Aebi, U. (1998) Curr. Opin. Struct. Biol. 8, 177-185). In particular, our modeling clearly demonstrates that end-to-end annealing of ULFs and filaments is obligatory for forming long filaments, whereas tetramer addition to filament ends does not contribute significantly to filament elongation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».