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Enregistrement W2126573110 · doi:10.1093/infdis/jis605

Capsular Switching in Group B Streptococcus CC17 Hypervirulent Clone: A Future Challenge for Polysaccharide Vaccine Development

2012· article· en· W2126573110 sur OpenAlexaff
Samuel Bellais, Anne Six, Agnès Fouet, M. Longo, Nicolas Dmytruk, Philippe Glaser, Patrick Trieu‐Cuot, Claire Poyart

Notice bibliographique

RevueThe Journal of Infectious Diseases · 2012
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueNeonatal and Maternal Infections
Établissements canadiensCanadian Nautical Research Society
Organismes subventionnairesInstitut MérieuxInstitut de Veille SanitaireUniversité Paris DescartesCentre National de la Recherche ScientifiqueFondation pour la Recherche MédicaleInstitut National de la Santé et de la Recherche MédicaleAgence Nationale de la Recherche
Mots-clésMultilocus sequence typingVirulenceStreptococcus agalactiaeMicrobiologyGroup BBiologyStreptococcusPopulationPathogenGroup AVirulence factorTypingCluster (spacecraft)clone (Java method)VirologyMedicineGeneticsGenotypeBacteriaGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: The capsular polysaccharide (CPS) is an important virulence factor and a vaccine target of the major neonatal pathogen group B Streptococcus (GBS). Population studies revealed no strong correlation between CPS type and multilocus sequence typing (MLST) cluster, with the remarkable exception of the worldwide spread of hypervirulent GBS CC17, which were all until recently CPS type III. METHODS: A total of 965 GBS strains from invasive infection isolated in France were CPS typed and the presence of the CC17-specific surface protein encoding gene hvgA gene was investigated. Three hvgA-positive GBS strains screened were surprisingly CPS type IV and thus further characterized by MLST typing, pulsed-field gel electrophoresis (PFGE), and whole genome sequencing. RESULTS: MLST and PFGE demonstrated a capsular switching from CPS type III to IV within the highly homogeneous GBS CC17. Sequence analysis revealed that this capsular switch was due to the exchange of a 35.5-kb DNA fragment containing the entire cps operon. CONCLUSIONS: This work shows that GBS CC17 hypervirulent strains have switched one of their main vaccine targets. Thus, continued surveillance of GBS population remains of the utmost importance during clinical trials of conjugate GBS vaccines.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,266
Écart entre enseignants0,254 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations144
Publié2012
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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