Acute organ injury is associated with alterations in the cell-free plasma transcriptome
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Despite a genomic revolution in biological sciences, clinical medicine has yet to integrate diagnostics based upon gene expression into practice. While commonly used plasma protein assays rely on organ-specific origins, nearly all nucleic acid in whole blood is derived from white blood cells limiting their utility to diagnose non-immune disorders. The aim of the study was to use cell-free plasma to define circulating messenger RNA sequences diagnostic of acute organ injury, including myocardial infarction (MI) and acute kidney injury (AKI). METHODS: In healthy human subjects (N = 4) and patients with acute MI (N = 4), we characterized the concentration and nature of circulating plasma RNA through spectrophotometry and chromatography. Through reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) of amplicons up to 939 base pairs, we determined whether this mRNA was intact but of insufficient quantity to sequence. In mice, we induced an acute anterior myocardial infarction through 1 h of ischemia followed by reperfusion of the left anterior descending (LAD) artery. We compared the cell-free plasma transcriptome using cDNA microarray in sham-operated mice compared to ischemia upon reperfusion and at 1 and 4 h. To determine organ specificity, we compared this profile to acute ischemia-reperfusion of the kidney. RESULTS: In humans, there is more plasma RNA in those with acute MI than in healthy controls. In mice, ischemia-reperfusion of the LAD artery resulted in a time-dependent regulation of 589 circulating mRNA transcripts with less than a 5% overlap in sequences from acute ischemia-reperfusion injury of the kidney. CONCLUSIONS: The mRNA derived from cell-free plasma defines organ injury in a time and injury-specific pattern.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».