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Enregistrement W2126850824 · doi:10.1073/pnas.0409487102

Single molecule high-resolution colocalization of Cy3 and Cy5 attached to macromolecules measures intramolecular distances through time

2005· article· en· W2126850824 sur OpenAlexafffund
L. Stirling Churchman, Zeynep Ökten, Ronald S. Rock, John Dawson, James A. Spudich

Notice bibliographique

RevueProceedings of the National Academy of Sciences · 2005
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueAdvanced Fluorescence Microscopy Techniques
Établissements canadiensUniversity of Guelph
Organismes subventionnairesNational Institute of General Medical SciencesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaNational Institutes of HealthBoehringer Ingelheim FondsYale University
Mots-clésFörster resonance energy transferResolution (logic)Intramolecular forceChemistryColocalizationFluorescenceBiophysicsOpticsPhysicsStereochemistryBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Here we present a technique called single-molecule high-resolution colocalization (SHREC) of fluorescent dyes that allows the measurement of interfluorophore distances in macromolecules and macromolecular complexes with better than 10-nm resolution. By using two chromatically differing fluorescent molecules as probes, we are able to circumvent the Rayleigh criterion and measure distances much smaller than 250 nm. The probes are imaged separately and localized individually with high precision. The registration between the two imaging channels is measured by using fiduciary markers, and the centers of the two probes are mapped onto the same space. Multiple measurements can be made before the fluorophores photobleach, allowing intramolecular and intermolecular distances to be tracked through time. This technique's lower resolution limit lies at the upper resolution limit of single molecule FRET (smFRET) microscopy. The instrumentation and fluorophores used for SHREC can also be used for smFRET, allowing the two types of measurements to be made interchangeably, covering a wide range of interfluorophore distances. A dual-labeled duplex DNA molecule (30 bp) was used as a 10-nm molecular ruler to confirm the validity of the method. We also used SHREC to study the motion of myosin V. We directly observed myosin V's alternating heads while it walked hand-over-hand along an actin filament.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,017
Tête enseignante GPT0,296
Écart entre enseignants0,279 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations340
Publié2005
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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