Crystal Structure and Function of a DARPin Neutralizing Inhibitor of Lactococcal Phage TP901-1
Notice bibliographique
Résumé
Combinatorial libraries of designed ankyrin repeat proteins (DARPins) have been proven to be a valuable source of specific binding proteins, as they can be expressed at very high levels and are very stable. We report here the selection of DARPins directed against a macromolecular multiprotein complex, the baseplate BppUxBppL complex of the lactococcal phage TP901-1. Using ribosome display, we selected several DARPins that bound specifically to the tip of the receptor-binding protein (RBP, the BppL trimer). The three selected DARPins display high specificity and affinity in the low nanomolar range and bind with a stoichiometry of one DARPin per BppL trimer. The crystal structure of a DARPin complexed with the RBP was solved at 2.1 A resolution. The DARPinxRBP interface is of the concave (DARPin)-convex (RBP) type, typical of other DARPin protein complexes and different from what is observed with a camelid VHH domain, which penetrates the phage p2 RBP inter-monomer interface. Finally, phage infection assays demonstrated that TP901-1 infection of Lactococcus lactis cells was inhibited by each of the three selected DARPins. This study provides proof of concept for the possible use of DARPins to circumvent viral infection. It also provides support for the use of DARPins in co-crystallization, due to their rigidity and their ability to provide multiple crystal contacts.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».