Sequence Variation in the <i>porA</i> Gene of a Clone of <i>Neisseria meningitidis</i> during Epidemic Spread
Notice bibliographique
Résumé
The ET-15 clone within the electrophoretic type (ET)-37 complex of Neisseria meningitidis was first detected in Canada in 1986 and has since been associated with outbreaks of meningococcal disease in many parts of the world. While the majority of the strains of the ET-37 complex are serosubtype P1.5,2, serosubtype determination of ET-15 strains may often be incomplete, with either only one or none of the two variable regions (VRs) of the serosubtype PorA outer membrane protein reacting with monoclonal antibodies. DNA sequence analysis of the porA gene from ET-15 strains with one or both unidentified serosubtype determinants was undertaken to identify the genetic basis of the lack of reaction with the monoclonal antibodies. Fourteen different porA alleles were identified among 38 ET-15 strains from various geographic origins. The sequences corresponding to subtypes P1.5a,10d, P1.5,2, P1.5,10d, P1.5a,10k, and P1.5a,10a were identified in 18, 11, 2, 2, and 1 isolate, respectively. Of the remaining four strains, which all were nonserosubtypeable, two had a stop codon within the VR1 and the VR2, respectively, while in the other two the porA gene was interrupted by the insertion element, IS1301. Of the strains with P1.5,2 sequence, one had a stop codon between the VR1 and VR2, one had a four-amino-acid deletion outside the VR2, and another showed no expression of PorA on sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis. Our results reveal that numerous genetic events have occurred in the porA gene of the ET-15 clone in the short time of its epidemic spread. The magnitude of microevolutionary mechanisms available in meningococci and the remarkable genetic flexibility of these bacteria need to be considered in relation to PorA vaccine development.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».