Kinetic characterization of a cis- and trans-acting M<sup>2+</sup>-independent DNAzyme that depends on synthetic RNaseA-like functionality — Burst-phase kinetics from the coalescence of two active DNAzyme folds
Notice bibliographique
Résumé
This work describes the kinetics of the DNAzyme 925-11, a combinatorially selected, M2+-independent ribophosphodiesterase that is covalently modified with both cationic amines and imidazoles. At 13 °C, cis- and trans-cleaving constructs of 925-11 demonstrate the highest rate constants reported to date for any M2+-independent nucleic acid catalyst, investigated at physiological ionic strength and pH 7.5 (0.3 min–1 for self cleavage and 0.2 min–1 for intermolecular cleavage). In contrast to the cis-cleaving species, single-turnover experiments with the trans-cleaving species exhibit biphasic cleavage data, suggesting the presence of two conformations of the catalyst–substrate complex. Pulse–chase experiments demonstrate that both complexes lead to substrate cleavage. Under multiple-turnover conditions, the higher rate constant appears in a burst phase that decays to a slower steady state exhibiting a rate constant of 0.0077 min–1, a value approximating that of the slow-cleaving phase seen in single-turnover experiments. Slow product release is excluded as the source of the burst phase. An integrated rate equation is derived to describe burst-phase kinetics based on the funneling of the initial population of fast-cleaving conformation into a steady-state population composed largely of the slow-cleaving conformation.Key words: RNase mimics, DNAzymes, ribozymes, kinetics, RNA cleavage.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».