Long-Term Restriction by APOBEC3F Selects Human Immunodeficiency Virus Type 1 Variants with Restored Vif Function
Notice bibliographique
Résumé
Tandem stop mutations K26X and H27X in human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) vif compromise virus replication in human T-cell lines that stably express APOBEC3F (A3F) or APOBEC3G (A3G). We previously reported that partial resistance to A3G could develop in these Vif-deficient viruses through a nucleotide A200-to-T/C transversion and a vpr null mutation, but these isolates were still susceptible to restriction by A3F. Here, long-term selection experiments were done to determine how these A3G-selected isolates might evolve to spread in the presence of A3F. We found that A3F, like A3G, is capable of potent, long-term restriction that eventually selects for heritable resistance. In all 7 instances, the selected isolates had restored Vif function to cope with A3F activity. In two isolates, Vif Q26-Q27 and Y26-Q27, the resistance phenotype recapitulated in molecular clones, but when the selected vif alleles were analyzed in the context of an otherwise wild-type viral background, a different outcome emerged. Although HIV-1 clones with Vif Q26-Q27 or Y26-Q27 were fully capable of overcoming A3F, they were now susceptible to restriction by A3G. Concordant with prior studies, a lysine at position 26 proved essential for A3G neutralization. These data combine to indicate that A3F and A3G exert at least partly distinct selective pressures and that Vif function may be essential for the virus to replicate in the presence of A3F.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».