Calibrative approaches to protein solubility modeling of a mutant series using physicochemical descriptors
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Notice bibliographique
Résumé
A set of physicochemical properties describing a protein of known structure is employed for a calibrative approach to protein solubility. Common hydrodynamic and electrophoretic properties routinely measured in the bio-analytical laboratory such as zeta potential, dipole moment, the second osmotic virial coefficient are first estimated in silico as a function a pH and solution ionic strength starting with the protein crystal structure. The utility of these descriptors in understanding the solubility of a series of ribonuclease Sa mutants is investigated. A simple two parameter model was trained using solubility data of the wild type protein measured at a restricted number of solution pHs. Solubility estimates of the mutants demonstrate that zeta potential and dipole moment may be used to rationalize solubility trends over a wide pH range. Additionally a calibrative model based on the protein's second osmotic virial coefficient, B₂₂ was developed. A modified DVLO type potential along with a simplified representation of the protein allowed for efficient computation of the second viral coefficient. The standard error of prediction for both models was on the order of 0.3 log S units. These results are very encouraging and demonstrate that these models may be trained with a small number of samples and employed extrapolatively for estimating mutant solubilities.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle