Cloning and characterization of<i>Vine-1</i>, a LTR-retrotransposon-like element in<i>Vitis vinifera</i>L., and other<i>Vitis</i>species
Notice bibliographique
Résumé
We report the organization of a grapevine chimeric gene Adhr-Vine-1, composed by an Adhr gene, into which a retroelement, Vine-1, was inserted. Sequence analysis revealed that Adhr is a member of the Adh multigene family, but does not correspond to any other grapevine Adh described to date. Vine-1, albeit defective, is the most complete LTR (long terminal repeat)-retrotransposon-like element described in Vitis vinifera L. It is 2392 bp long, with two almost identical LTRs (287 bp) in the same orientation, and flanked by direct repeats of a 5 bp host DNA. This element presents other features, characteristic of retroviruses and retrotransposons including inverted repeats, a primer binding site, and a polypurine tract. It has a single open reading frame (ORF) of 581 amino acids, potentially encoding for a gag protein and parts of the protease and integrase proteins. Vine-1 is most likely related to the copia-like type family, but with no significant similarity to any previously described plant retrotransposon or inserted element, nor to any eukaryotic element described to date. Vine-1 element has been found in Adhr at the same location in different V. vinifera cultivars, but not in some other analyzed Vitis species. These data suggest that Vine-1 insertion in Adhr is specific to V. vinifera, and has occurred after the Adh isogene separation, but prior to cultivar development. Sequences related to Vine-1 were revealed in multiple copies in the V. vinifera genome and, to a lesser extent, in other analyzed Vitis species. The polymorphism observed prompts us to question the role played by transposition in the evolution of the Vitis genus.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».