Use of Discriminatory Probes for Strain Typing of Formalin-Fixed, Rabies Virus-Infected Tissues by In Situ Hybridization
Notice bibliographique
Résumé
An in situ hybridization (ISH) method has been developed to overcome difficulties encountered in the viral typing of formalin-fixed rabies virus-infected brain tissue. Rabies viruses representative of all strains normally encountered in diagnostic submissions throughout Canada, including 3 strains of terrestrial hosts (arctic fox, western skunk, mid-Atlantic raccoon), 10 strains circulating in several bat reservoirs (BBCAN1 to BBCAN7, LACAN, SHCAN, and MYCAN), and the Evelyn-Rokitniki-Abelseth (ERA) strain, used as an oral vaccine for fox rabies control in Ontario, were targeted. Partial phosphoprotein gene fragments generated from reverse transcription (RT)-PCR products of specimens of each viral type were molecularly cloned and used to produce negative-sense digoxigenin-labeled RNA transcripts. Conditions permitting the use of these transcripts as strain-specific probes were optimized by blotting analyses with RT-PCR amplicons generated with representative rabies viruses and by ISH applied to mouse brains inoculated with these strains. The successful application of this methodology to two rabies virus-positive specimens that were also identified by traditional methods and the retrospective typing of two archival rabies virus-positive equine specimens is described. This technique provides a typing regimen for rabies virus isolates submitted in a form that is normally recalcitrant to alternate typing strategies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».