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Enregistrement W2128375367 · doi:10.1534/genetics.107.085787

Patterns of Molecular Evolution in Caenorhabditis Preclude Ancient Origins of Selfing

2008· article· en· W2128375367 sur OpenAlex

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.

Notice bibliographique

RevueGenetics · 2008
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueEvolution and Genetic Dynamics
Établissements canadiensHospital for Sick ChildrenUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBiologySelfingOutcrossingEvolutionary biologyCaenorhabditis elegansGeneticsCaenorhabditisExperimental evolutionMating systemPopulationEffective population sizeGenetic driftMatingGeneGenetic variationEcology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The evolution of self-fertilization can mediate pronounced changes in genomes as a by-product of a drastic reduction in effective population size and the concomitant accumulation of slightly deleterious mutations by genetic drift. In the nematode genus Caenorhabditis, a highly selfing lifestyle has evolved twice independently, thus permitting an opportunity to test for the effects of mode of reproduction on patterns of molecular evolution on a genomic scale. Here we contrast rates of nucleotide substitution and codon usage bias among thousands of orthologous groups of genes in six species of Caenorhabditis, including the classic model organism Caenorhabditis elegans. Despite evidence that weak selection on synonymous codon usage is pervasive in the history of all species in this genus, we find little difference among species in the patterns of codon usage bias and in replacement-site substitution. Applying a model of relaxed selection on codon usage to the C. elegans and C. briggsae lineages suggests that self-fertilization is unlikely to have evolved more than approximately 4 million years ago, which is less than a quarter of the time since they shared a common ancestor with outcrossing species. We conclude that the profound changes in mating behavior, physiology, and developmental mechanisms that accompanied the transition from an obligately outcrossing to a primarily selfing mode of reproduction evolved in the not-too-distant past.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,332
Score d'incertitude au seuil0,526

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,007
Tête enseignante GPT0,229
Écart entre enseignants0,222 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle