Patterns of Molecular Evolution in Caenorhabditis Preclude Ancient Origins of Selfing
Notice bibliographique
Résumé
The evolution of self-fertilization can mediate pronounced changes in genomes as a by-product of a drastic reduction in effective population size and the concomitant accumulation of slightly deleterious mutations by genetic drift. In the nematode genus Caenorhabditis, a highly selfing lifestyle has evolved twice independently, thus permitting an opportunity to test for the effects of mode of reproduction on patterns of molecular evolution on a genomic scale. Here we contrast rates of nucleotide substitution and codon usage bias among thousands of orthologous groups of genes in six species of Caenorhabditis, including the classic model organism Caenorhabditis elegans. Despite evidence that weak selection on synonymous codon usage is pervasive in the history of all species in this genus, we find little difference among species in the patterns of codon usage bias and in replacement-site substitution. Applying a model of relaxed selection on codon usage to the C. elegans and C. briggsae lineages suggests that self-fertilization is unlikely to have evolved more than approximately 4 million years ago, which is less than a quarter of the time since they shared a common ancestor with outcrossing species. We conclude that the profound changes in mating behavior, physiology, and developmental mechanisms that accompanied the transition from an obligately outcrossing to a primarily selfing mode of reproduction evolved in the not-too-distant past.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».