Comparative analysis of the paired immunoglobulin-like receptor (<i>PILR</i>) locus in six mammalian genomes: duplication, conversion, and the birth of new genes
Notice bibliographique
Résumé
Manyaspects of the immune system are controlled by homologous cell surface receptors that mediate inhibitory and activating pathways. The paired immunoglobulin-like receptor (PILR) locus at 7q22 encodes both PILRA, an inhibitory receptor, and PILRB, its activating counterpart. Mouse Pilrb1 is a novel immune system regulator, and its ligand Cd99 participates in the recruitment of T-cells to inflamed tissue. We characterized the PILR locus in six mammalian genomes and investigated the structure and mRNA expression of human PILRB. Synteny at the PILR locus is conserved in the human, chimpanzee, dog, mouse and rat genomes. The absence of the PILR locus in opossum and chicken genomes suggests it arose after the divergence of placental and nonplacental mammals. In humans, a Williams-Beuren syndrome-related segmental duplication has created a complex chimeric transcript representing the predominantly expressed form of PILRB. Unlike PILRA, PILRB transcripts were detected in a wide variety of tissues including cells of the lymphoid lineage. In the mouse genome, a second activating gene, Pilrb2, and six pseudogenes were found. Extensive gene duplications in the rat genome have resulted in at least 27 Pilrb genes and or pseudogenes. Abundant gene duplication events involving novel CD99-related genes were also detected in the rat genome. In addition to duplication, we show that gene conversion has played a persistent role in the evolution of the PILR genes. Overall, we demonstrate that the PILR locus is dynamically evolving via multiple evolutionary mechanisms in several mammalian genomes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».